PortableApps.com で配布されているツールは、基本的なフォルダ構造がほとんど同じです。一番上の層にある「Other」というフォルダに、「(ツールの名前)PortableSource」というフォルダがあります。Firefox だと「FirefoxPortableSource」、Audacity だと「AudacityPortableSource」です。その中に、ポータブル化されたツールと同じ名前の INI ファイルがあります。エクスプローラで見るとここです。
この INI ファイルをエディタで開き、DisableSplashScreen=false となっている部分を DisableSplashScreen=true と、値を true に書き換えます。そして、そのツールのフォルダの一番上の層にその INI ファイルをコピーします。